Eesti Biokeemia Selts asutati tolleaegse Üleliidulise Biokeemia Seltsi osana Tartus 2. veebruaril 1959. Asutamiskoosolekul osales 18 inimest ja valiti 6-liikmeline juhatus, mille esimeheks sai prof. E. Martinson. Tallinna biokeemikud selle töös ei osalenud ja 1962. kinnitati ÜBS alluvuses eraldi Tallinna ja Tartu osakonnad (esimeesteks vastavalt I. Sibul ja E. Martinson). Ühtne EBS moodustati esmakordselt 20. detsembril 1963 ja esimeheks sai prof. I. Sibul. Selts tegutses selles staatuses 20.veebruarini 1990 kui Üleliiduline Biokeemia Selts rahuldas Eesti osakondade taotluse moodustada iseseisev Eesti Biokeemia Selts. Eesti seltsi moodustamisel kuulus sellesse 131 inimest, neist 14 doktorit ja 84 teaduste kandidaati.

Euroopa Biokeemia Seltside Föderatsiooni (FEBS) volikogu rahuldas Eesti Biokeemia Seltsi taotluse astuda Föderatsiooni liikmeks Jeruusalemmas 4. augustil 1991.a., millest teatati FEBSi tsirkulaaris nr. 331 24. jaanuarist 1992.a.

Alates 13. novembrist 2009 on Eesti Biokeemia Selts assotsieerunud Eesti Teaduste Akadeemiaga. Assotsiatsioonilepingu allkirjastasid Teaduste Akadeemia president akadeemik Richard Villems ja Seltsi tollane president akadeemik Jaak Järv.

Seltsi eelmised presidendid

Professor Eduard Martinson (1959-1963)
10.08.1900-26.04.1963

Professor Ilo Sibul (1963-1979)
10.02.1908–31.01.1979
Füsioloog-biokeemik ja patofüsioloog, med dr 1936. Eest TA akadeemik 1957. Lõpetas 1932 TÜ. Töötas seejärel Tartu Ülikoolis (aastatel 1945-47 Tübingeni ülikoolis), aastast 1953 professor. 1955-56 Tallinna Epidemioloogia, Mikrobioloogia ja Hügieeni TUI asedirektor. 1956-57 EPA füsioloogiaprofessor. 1957-64 Eksperimentaalse ja Kliinilise Meditsiini Instituudi teadusdirektor. 1964-66 TÜ spordimeditsiinikateedri juhataja. Alates 1967 Eksperimentaalbioloogia Instituudi loomafüsioloogiasektori juhataja. ENSV teeneline teadlane 1978.

Professor Lembit Tähepõld (1979-1989)
27.03.1929–30.04.1995
Biokeemik, med dr 1975. Lõpetas TÜ 1953. Töötas seejärel sealsamas, alates 1978 biokeemiakateedri professor, alates 1963 kateedri ning alates 1993 biokeemiainstituudi juhataja. Aastast 1995 emeriitprofessor. ENSV teeneline teadlane 1977. Uurimusi uinutite toimest aju ainevahetusse ja ajukoe ja seedenäärmete lämmastikuainevahetusse ning ensüümisüsteemide ja adenosiintrifosfataasi kohta.

Professor Ado Köstner (1989-1990)
13.06.1934–13.10.1993
Biokeemik, tehnikadoktor 1980. Lõpetas TÜ 1957. Alates 1958 Tallinna Tehnikaülikooli õppejõud, alates 1982 professor. 1973-83 toiduainete tehnoloogia kateedri ning aastast 1983 orgaanilise ja biokeemia kateedri juhataja. ENSV teeneline leiutaja 1978, ENSV riiklik preemia 1977, NSVL riiklik preemia 1984. P. Kogermani mälestusmedal 1987.

Professor Aavo Aaviksaar (1990- 2004)
20.09.1941–28.07.2004
Keemik-orgaanik ja biokeemik, keemiadr 1986 (Moskva), professor 1987. Lõpetas TÜ keemikuna 1965.
1973-80 Küberneetika Instituudi biokeemiasektori juhataja, 1980-91 Keemilise ja Bioloogilise Füüsika Instituudi bioorgaanilise keemia laboratooriumi juhataja. Aastast 1991 EPMÜ Eksperimentaalbioloogia Instituudi direktor. 19 autoritunnistust, ENSV riiklik preemia 1987.

Professor akadeemik Jaak Järv (2004-2011)
05.11.1948 Keemik-orgaanik ja biokeemik, keemiadr 1990 (Moskva), professor 1991. Lõpetas TÜ keemikuna 1972.a.
1977-1983 TÜ dotsent, 1983-1991 TÜ teadusosakonna juhataja, alates 1991 TÜ professor.Kuopio (Soome) ja Uppsala (Rootsi) Ülikoolide audoktor. Eesti Teaduspreemiad aastatel 1986 ja 2000. Euroopa Biokeemia Seltside Föderatsiooni täitevkomitee liige ja FEBS Süvakursuste komitee esimees aastast 2011.

Professor Peep Palumaa (2011-2016)
30.06.1959 biokeemik.
Lõpetas TÜ bioorgaanilise keemia erialal 1982.a. 1986 Ph.D. (teaduste kandidaadi kraad orgaanilises keemias) TÜ. 1989 – 1992 postdoktorantuur Zürichi Ülikoolis, 1993-1999 TÜ biokeemia professor, alates 2002 Tallinna Tehnikaülikooli proteoomika professor.
Alates 2011 EMBO liige.

Dr. Olga Kukk (2016-2019)
20.11.1986 biokeemik.
2015 doktorikraad Tartu Ülikooli bioorgaanilise keemia instituudis.
2019-2022 järeldoktorantuur Hollandi vähiuuringute instituudis.
Alates 2022, Solis BioDyne OÜ, Teaduse- ja arendusosakonna juht